数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗

特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立