故事讲述了在近未来日本遭遇了原意不明的大灾害，日本国土几乎毁灭殆尽，在灾害发生后的5年日本逐渐走向复兴，而在日本的某所大学中年轻的天马博士和茶水博士正在努力的研究机器人技术。

袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作“星脉世代”、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。

　受温室效应的影响，全球各地极端自然灾害频发，为抵御自然灾害对植物的影响，星火种子公司利用基因编译技术，培育研制出了超级橡胶种子SR-2，受到东南亚DB公司邀请前往新山角一带试种植。国际安保队长林翔带

《自然护卫队》共包含50集动画资源，讲述了一个由人类、外星精灵和小动物们共同组成的自然护卫队，在时刻关注着地球上发生的各类自然突发事件。自然护卫队从儿童视角，以侦探、探险的故事结构，科学的认识和了解自然灾害、生物灾害以及人为灾害对我们的生活造成那些重大的影响，将趣味性和科学性相结合，增加对人与自然联系的认知和理解。

故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。

故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。

当自然灾害来袭，人们开始出现在他家时，一个单身男子试图利用这种情bbb。