原本幸福的一家三口人因为一次车祸变得分崩离析。妻子和女儿乘坐的巴士因为司机的睡眠不足导致跌落山谷。最后妻子死去，女儿得以幸存。奇怪的是，妻子的灵魂却住进了女儿的身体里，女儿自己的灵魂却不知去向。杉田平

故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市"绫风市"。相隔10年之久，高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。 &

聚焦真人电影男主LarryDaley的儿子NickDaley，他不情不愿地也成为了一名博物馆管理员，而《博物馆奇妙夜2》里的卡门拉法老又回来了，想要征服世界。