故事发生在一个秘密的科学实验室里，超级计算机“红色女王”失去控制，成为人类的巨大威胁；原本在里面工作的科学家为某种病毒侵袭，死而复生变为僵尸——嗜血的活死人。整座大厦为血腥恐怖的气氛笼罩，眼看病毒即将爆发，危机不可避免，整个世界将变成地狱，全体人类将成为僵尸。一个特别任务小组开始了拯救行动。

在本集故事中，神犬巴迪已成为拥有五个可爱宝宝的狗爸。喜欢嬉哈音乐的B-Dawg、可爱的RoseBud、稳健的Bud-Dha、爱玩泥巴的MudBud以及大块头Budderball，这五个狗宝宝继承了狗爸巴迪的优良品质，勇敢神勇。然而令人意想不到的是，巴迪夫妇居然遭到了狗贩子的绑架。他们的五个神犬小巴迪们，展开了一场营救父母的神奇大冒险。

十年前，麦克和他的搭档黑猩猩明奇侦探界的明星搭档，他们屡破奇案。但一次任务的失利却使得麦克心灰意冷，于是他退出了侦探界，专心照顾他的女儿阿梅利亚；而明奇也加入了马戏团开始了它的新生活。转眼间，阿梅利亚12岁了，凭借聪明的头脑她改进的钻孔机获得了国家科学奖，更获得了法尔里博士邀请前往日本参加研讨会。然而法尔里博士其实另有阴谋，麦克和明奇这对老搭档必须再战江湖，救出身陷囫囵的阿梅利亚！

正当几个平凡的少年无意发现了一处古怪的外星武器基地时，外星人突然出现抢回了武器，并声称要毁灭地球。眼下，获得改变时空能力的少年们，是地球上唯一能对抗百万外星人入侵的防卫力量。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相。

杀手基比发现他只要穿越平行宇宙，杀掉另一个时空的自己，他的能量就可变得越来越大，他最后到达了我们现在所处的宇宙，希望可以在超时空特警的追捕前，再一次地消灭另一个时空的自己。

20年前罗拉的父亲挖掘古墓得到的一个箱子里收藏了一个神秘的钟。罗拉从父亲那里知道，这个钟与一个神秘组织有关。这个叫光明会的组织相信当他们找到这个古钟后，便有了把时间与空间打开的钥匙，一把三角形的金属钥匙。多年来该组织一直在苦苦寻觅。 光明会希望通过这把钥匙让他们的组织始祖复活。但首先要找到钥匙。而且时间紧迫，两天后将出现日全蚀。这个时候三角钥匙内在的力量便会达到最大。光明会不想错过这个大好机会。罗拉扛上了这个艰巨的任务，在重重困难中寻找拯救宇宙的三角钥匙。

　　巴罗尼斯夫人出落得亭亭玉立的女儿麦瑞闯进鲁道夫王子的生活。在与麦瑞私奔的落脚行宫梅耶林，鲁道夫和麦瑞殉情自杀。鲁道夫王子所预言并一直设法避免的大战在1914年爆发。到1918年战争结束时，奥匈帝国的地图从此消失。

亲姐妹塞奥和蕾是一对孤儿，住在孤儿院的她们彼此相依为命。喜欢小动物的塞奥，偶然间发现了一只被遗弃的小狗，于是将其领回来喂养。后来有人打算收养两姐妹，可是对方住的地方严禁养狗，塞奥和蕾不忍心就此将小狗抛下。然而眼看着小狗一天天长大，藏起来也越来越困难，她们该如何是好呢？

约翰和简已经结婚了7年多，生活就像淡水般无味。婚姻就像坟墓，让他们过着死水一潭的生活。然而这仅仅是表象。背后他们各有刺激惊险的职业——约翰和简分属两个不同的秘密杀手机构，但彼此却不知道对方的职业身份。直到他们同时接到一个任务，刺杀目标竟是同一人。身份的真相才开始慢慢揭开。反复的试探和猜测，简终于不小心说穿了自己身份。于是一场同室操戈不可避免的发生了。但是他们也开始意识到，自己只是组织的一个棋子。而眼前的，是共同生活了7年的爱人。