立志成为神奇宝贝大师的小智一行人依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写著：‘你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。’“最强的宝可梦训练家？”好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，

神奇宝贝2013年新剧场版标题正式定名为《神速的灭世虫》，并预定于2013年7月13日上映，届时，附加短篇《皮卡丘与伊布好朋友》也会同时公开。　　本次即将与明年7月上映的剧场版是《宠物小精灵》系列的第16部剧场版动画，上一部作品名为《宠物小精灵 Best Wishes 酋雷姆VS圣剑士》，而新作则是以被真红之铠包裹着，曾在3亿年前被等离子团改造了的口袋妖怪盖诺赛特为主角，在特报中登场的正是被称为“神速的灭世虫”(又译：盖诺赛特)的口袋妖怪，它比平常的盖诺赛特行动更快速，能力更强劲！尤其是在“高速飞行行态”

在地下深处，存在一个美丽的国家“钻石矿国”，有“宝石宝可梦”之称的小碎钻们在这里和平生活。存在于这个国家的巨大钻石“圣洁钻石”，长期以来作为重要的能量源泉，一直发挥着维持矿国一切活动的作用，但如今它的生命即将耗尽。这样下去这个美丽的矿国将会灭亡！就在这样的背景下，蒂安希遇到了小智和皮卡丘。为了寻求神圣之力，他们踏上了寻找“生命宝可梦”哲尔尼亚斯的旅程。在这段旅途的前方，等待着他们的有盯上蒂安希的盗贼们，还有曾经令卡洛斯地区所有生命灭亡的“破坏宝可梦”伊裴尔塔尔的沉睡之茧——究竟蒂安希最终能否拯救自己的国家

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡，与空间的帕路奇犽这两大神奇宝贝在次元之夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击并是为了让它们远离这座城镇。随着两大神的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，两

在很久很久以前，還沒有精靈球的時代，有一場神奇寶貝大戰。勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐，為了阻止大戰，藉著波導的力量努力讓戰爭平息，人們也因此稱亞朗為「波導的勇者」。百年之後，小智和皮卡丘一行人來到歐魯德朗城，參加為了讚頌勇者亞朗而舉行的寶可夢對戰和慶典。小智在對戰中贏得了勝利，被封上「波導的勇者」的稱號，並獲得在祭典時拿著「勇者之杖」化身勇者的權利。就在舉行盛大的慶典之時，被封印在「勇者之杖」中的神奇寶貝路卡利歐竟然在小智的眼前甦醒，並說出百年前亞朗棄城潛逃的秘密！？另一方面，奇幻的神奇寶貝「夢幻」突然

四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在大气层的天空神奇宝贝－裂空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。最后，裂空坐打败了代欧奇希斯，代欧奇希斯的核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心。小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全

由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，

在森林的入口，“雪成”与少女“永久”邂逅了。接受了永久说的“如果你听到了森林的声音，就不能乱走动”的忠告后，雪成走进了森林。 雪成在森林里为了守护被猎人追捕的“雪拉比”，被“穿梭时空的力量”卷入，带到了40年后的未来。在40年后的世界，雪成认识小智他们。但是在这世界里，火箭队史上最强的男人“比夏斯”正打算捕猎雪拉比。 比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比从小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与雪成拚命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化…… 激烈的对战中，传说的宝

“破格的世界”…是在这个世界的另一个次元，如镜子般事物皆呈反向的不可思议的世界，同时也是骑拉帝纳栖息的空间。由于帝牙卢卡与帕路奇犽的一场时空之战，让反转世界因此受到影响，为此愤怒的骑拉帝纳开始寻找罪魁祸首的帝牙卢卡，并打算将他拉入反转世界里。某天，属性为“感谢”的神奇宝贝“洁咪”，突然出现在旅行途中的小智一行人面前。后来，小智一行人与洁咪，准备一起前往葛拉西蒂亚花田，但是在那里等着他们的是对洁咪虎视眈眈的骑拉帝纳、以及操纵著尖端科技的巨型母舰的神秘青年杰洛…。隐藏在葛拉西蒂亚花中的秘密到底是？被称为神的神

　　为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。　　早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡