武者联盟的天才少女果儿，接受密令保护受外来异能者侵害的家族长老，来到人与异人混居的山羽ccc。却与伪装成天师，骗吃骗喝的小混混何必强相遇，藉由“矛盾调解员高耀”的指引，三人卷入由上古神物“能量晶体”引

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奇石陨，异客现，危机暗藏，钦天监出击，谜案必ddd！钦天监最强女按察使和她的小伙伴们一起智破奇案，守护百姓平安

因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言“在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像”。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。

新闻报道了怪盗团事件嫌疑人的莲自杀的消息，同时怪盗团也开始暗中展开行动。为了揪出策划所有事件的幕后人物并让其改过自新，怪盗团决心潜入新目标的魔宫，并盗出宝物。

十五夜半，月华渐隐，迷雾生气，古宅初现，镜有灵狐，祭血方见，诡事频发，东华学院，动画高校依傍灵狐山，对外只是一所享有盛名的私立学院，然而平静的表象下，却悠久流传着关于古宅狐仙的惊悚传说，也因此被学生私下称为“灵狐高校”

这里是梦世界。是欲望、希望、绝望成形的，意识与无意识的夹缝间。在总是做梦的自己的房间里，再次陷入睡眠的月城遥人，偶然进入了他人的梦境。那是，心灵被囚禁在这梦世界里的魔女们的梦。陷入拒绝现实、逃往梦境、持续睡眠的“睡美人病”当中的，她们的梦的姿态。迷失在魔女的梦世界中的遥人，寻找着出口的门，并和她们打着招呼。

五年前，大冢村一夜之间瘟疫流行，周围的村庄为了防止疫病蔓延，一把火烧毁了整个大冢村。大冢村的三个孩子，犬冢信乃、犬川庄介以及滨路得以幸存。三人被教会收养，并在别的村庄中过着平静的生活。而在大冢村事件中获得了特殊的能力的信乃和庄介，则一直不明原因地被帝国教会总部寻找。大冢村事件发生的五年后，终于寻觅到信乃与庄介踪迹的教会总部，为了引诱两人来帝都，竟然带走了滨路……

本作描写了主人公与同伴们白天作为学生生活，夜晚则运用名为“Persona”的特殊力量，化身为“窃取心灵的怪盗”，向社会中扭曲腐坏的大人们发起挑战的都市浪漫物语。

这是，扭曲的物语。扭曲的爱的，物语——。事件同时频发，池袋的街道被吞入混沌的漩涡。怀着各自的心思，集合到新罗的公寓的人们。“Dollars”“黄巾贼”“罪歌”的势力簇拥到街道上。以及，当塞尔提的“头”暴露在光天化日之下时，事态朝着无人预期的结局发展——！