被称作奥特黑暗杀手的黑暗魔人，具有创造奥特战士的黑暗战士的能力。赛罗奥特曼和格丽乔奥特曼落入了黑暗杀手之手。 为了应对这场危机，泰罗奥特曼召集了“新世代英雄”，银河奥特曼、维克特利奥特曼、艾克斯奥特曼、欧布奥特曼、捷德奥特曼、罗索奥特曼、布鲁奥特曼，以及银河救援部队的利布特奥特曼作为辅助。 “新世代英雄”与“黑暗军团”之间的战斗将开始。

宇宙发生了异变，新的强敌出现！许多不该出现的凶恶怪兽和外星人纷纷出现！有人在偷偷谋划一场巨大的阴谋，如今，阴谋渐渐浮出水面。众多奥特战士们联手，前来解开谜团的真相。

近未来，奥特普能源公司研发出一种利用平行宇宙获取新能源的方法，并盛情邀请飞行员兼物理学家威廉·波特协助。因为要照顾身为单亲妈妈的妹妹米娅和患有心理疾病的侄子东尼，威廉婉拒了奥特普的邀请，后抱着强烈的使命感和好奇心，决定投身新计划。不料，就在威廉穿越至另一个宇宙时，系统不稳定导致宇宙即将坍塌。面对机甲和反叛组织的追逐，威廉必须拼尽全力，为了保护心爱的家人和真实宇宙，尽快解决如同末日来临般的大危机。

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暗黑路基艾尔在引发的暗黑火花战争中用拥有让所有生物陷入时间停歇的暗黑波动将所有的奥特曼，怪兽和宇宙人变成人偶，后在突然出现的奥特曼银河导致两败俱伤，双方因能力用尽而进入沉睡状态。 人偶变成流星降落到地球上，从外国回来的礼堂光命运般的被选中为奥特曼银河的继承者，同时暗黑路基艾尔正利用着人们心中的黑暗获得邪恶力量想要复活。礼堂光决定用银河火花的力量变身成奥特曼银河保护着大家。

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本作是奥特曼系列作品中有赛罗奥特曼登场画面的总集篇，2017年4-6月份作品片尾将有一个3分钟的新内容——《奥特欧布格斗》。该作讲述的是赛罗奥特曼与他的宿敌贝利亚奥特曼等强敌对战的故事。