军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。此时主人公萨姆告别相恋的女友米凯拉，要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。

变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论。两人的想法南辕北辙，将整个变种人的世界推进到最紧的状态，战争已经一触即发。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终金刚狼还是将“凤凰女”忍痛杀掉，以结束灾难。但是，面对大恶人“万磁王”的阴谋和“凤凰女”可怕的超级力量，新老X战警们还是吃尽了不少的苦头。

十年前，麦克和他的搭档黑猩猩明奇侦探界的明星搭档，他们屡破奇案。但一次任务的失利却使得麦克心灰意冷，于是他退出了侦探界，专心照顾他的女儿阿梅利亚；而明奇也加入了马戏团开始了它的新生活。转眼间，阿梅利亚12岁了，凭借聪明的头脑她改进的钻孔机获得了国家科学奖，更获得了法尔里博士邀请前往日本参加研讨会。然而法尔里博士其实另有阴谋，麦克和明奇这对老搭档必须再战江湖，救出身陷囫囵的阿梅利亚！

变形金刚们的战争已经结束了，一切回归了和平。但是，新的危机诞生了。在宇宙中一个超级黑洞，正在向塞博特恩袭来。但是，没有任何对抗这个黑洞的手段，塞博特恩只有被消灭的命运。就在这个时候，一个叫引天行的古代战士穿越时空，来到了塞博特恩。引天行声称只有一种叫“Planet Force （行星之力）”的东西可以拯救塞博特恩。他让大家找到行星之力，并集中起来。“行星之力”是由创造宇宙的原始天尊的火种制造，它们有着具有巨大的威力。运用这种力量，就可以摧毁黑洞，恢复所有被吞噬的星球。但是在历史上，汽车人探险家为了建造可传

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美国明尼苏达州小镇上仅存一只世界上公金刚鹦鹉，一个鸟类研究博士告知鹦鹉的主人要是再不进行人工繁殖那么蓝色金刚鹦鹉可能就会灭绝，一段充满异域风情的冒险之旅就这么开始了。

隐居深山的“金刚狼”罗根跨越重洋去见即将不久于人世的旧相识矢志田，对方希望他能够保护自己的孙女真理子。随着老人谢世，逃亡途中，罗根意外发现他丧失了自愈的能力，金刚狼最大的危机降临。

“Roll out with Optimus Prime, Bumblebee, Arcee, Ratchet, Bulkhead, and the rest of the heroic Autobots as they battle the evil Decepticons. Now that big bad Megatron has returned with a mysterious and dangerous element, Team Prime must prepare for an epic

剧情上，本作可以看做是2010年的游戏《塞伯坦之战》的后继。正义的汽车人和邪恶的霸天虎之间的大战持续了上百万年，他们的家园塞伯坦星球已经被破坏殆尽。随着霸天虎邪恶势力的扩张，地球成为双方争夺的焦点。为了保护地球不受邪恶的霸天虎的侵袭，正义的汽车人和人类联手，一次又一次挫败霸天虎的阴谋诡计。不幸的是，为了打败邪恶的宇宙大帝，擎天柱释放了领导模块的力量，并因此失去了记忆——他跟在威震天的身后，消失在陆桥深处…rr 《变形金刚 Prime》‧《变形金刚 领袖之证》（Transformers: Prime），是于