新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席。此即为事件的开端……发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件。那个自称凶手的男子打来预告电话，与柯南展开博弈。犯人再次向那里打电话，“工藤为什么没来！”那家伙是从哪里观察的？！随后，凶手连续发来炸弹预告。炸弹究竟被安在了哪里？城市陷入了恐慌。面对步步逼近的时限，柯南有办法解决吗？

《魔术快斗1412》是根据日本漫画家青山刚昌创作漫画《魔术快斗》改编而成的电视动画系列，是继之前以《名侦探柯南》特别篇的形式间断播出的TMS版《魔术快斗》动画后，独立播出的动画系列。

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根据青山刚昌著名原作推理漫画《名侦探柯南》改编。

在日本，有一个称之为文乐的戏种。而傀儡戏就是其中之一。而橘　左近就是称之为国宝级文乐艺人橘 左衛門（是这个名字吧）的孙子。可以说，橘家世代就一直演傀儡戏。但左近似乎不想继承家业，想当个侦探？而另一个傀儡戏家族——周防家的衰败，似乎也与橘家有着千丝万缕的关系.......

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。

目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只能电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。 而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计……

专针对警察的连续杀人案件发生了，警察内部引起巨大的回响。对于想得到案件情报的小五郎，目暮警部却意外地守口如瓶。看到如此情况的柯南，联想到事情可能和警察部有莫大的关系。然后，下一个被枪击的目标居然是佐藤刑警!刚巧在案发现埸出现的小兰受到案件的刺激而被弄至失忆!犯人为了杀人灭口，于是企图把唯一的目击证人杀害!深知情况严重的柯南，为了保护小兰，不惜孤身犯险去把犯人找出来!