近未来某一年，地球爆发毁灭性极大的致命病毒，从而导致全球超过半数的人口死亡。一望无际的茫茫大海，似乎成为病毒无法涉足的神域，而汤姆·坎德勒船长（埃里克·迪恩EricDane饰）所统领的阿利·伯克级驱逐

京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？