大雄用哆啦A梦的道具想让自己的成绩变好，过著平凡的生活。然而，有一天，大雄爸爸却被工厂裁员而失业，一家人顿时连吃饭都成问题。大雄和哆啦A梦去调查，发现是怪博士制作的机器人“小全能”大量被企业采用，

大雄捡回了一棵小树苗，为了能养在家中，大雄用哆啦A梦的植物自动化液令树苗获得了运动和思考能力，称其为树小子。某天，大雄和他的朋友们与树小子在后山正玩得开心，突然被一个神秘的UFO带走，来到了宇宙的植物圣地植物星……

大雄用哆啦A梦在22世纪的中元节大拍卖抽奖中抽得的小行星制作了一个发条都市，但是由于落雷事故导致动物进化，加上犯罪分子潜入发条都市，以及不知本来面目的金色怪物，发条都市将面临怎样的命运……。