U.C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界

　　在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财

　　人称「红色彗星」的吉翁公国军王牌驾驶员夏亚·阿兹纳布尔，以及他的妹妹塞拉·玛斯。以决定两人命运的悲剧之始为背景，掌握Side3实权并统率公国的扎比家，兰巴·拉尔与黑色三连星等在「一年战争」中活跃的

U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕

宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。

在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

宇宙世纪0068年，SIDE 3，慕佐自治共和国。准备发表从地球联邦政府完全独立宣言的吉翁．兹姆．戴肯，突然在演说中倒下并离开人世。戴肯的两位遗孤卡斯巴尔与阿尔黛西亚，其命运有如接下来激烈动荡的时代般，正等着他们…

第二次新吉翁战争（夏亚的叛乱）终结后已经过了12年，现在是U.C.0105—。即便经历了被视为展现人类和宇宙世纪未来的“阿克西斯撞击”，世界仍然是混乱的状态，不时地发生着军事冲突。地球联邦政府也愈加腐败，高层不仅让地球污染加速，还实行了非人道的“猎人”政策，强制把民间人带去宇宙。在地球圈这种腐败中出现了一位人物，叫马夫蒂·纳比尤·艾林，他统率着反地球联邦政府组织“马夫蒂”。他们不断暗杀地球联邦政府高官，干着残忍的恐怖行为，但也从强烈反感联邦政府的民众中获得了一定的支持。而自称“马夫蒂”本人，即组织的指挥者

自第二次新吉翁战争结束了12年后的U.C.105年，因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强制平民前往宇宙的同时，也开始实施非人道的政策“人类狩猎”。在这种局面下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：“马夫蒂·纳比尤·艾林”（其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的带领下，针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔两人的思想，成为了为了内心的意志和道路而不断奋斗前行的战士哈萨维，却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和