星历0379年…ccc　　距现在500多年的未来银河系。　　在被称为GTO的严格的银河系政府工作的2位少女。　　开朗、充满活力的阿苏克露和认真的柯・菲优。　　——2人是GTO有特殊能力的秘密政府官

《侦探歌剧：少女福尔摩斯》以架空的怪盗和侦探活跃的近未来为背景。在这个世界里存在着有被叫做“Toys”的特殊能力的人类。利用这种特殊的能力，“侦探”和“怪盗”争斗不断。而故事就是以将来要成为侦探的四个少女夏洛克、妮洛、艾露克露、柯蒂妮娅为中心展开的。